خصصت مكتبة الشارقة العامة قسماً للمخطوطات القديمة والكتب ذات الطبعات النادرة ذات القيمة التاريخية والمعرفية، لما تحويه من مضامين علمية وأدبية وما تكشفه من تطور لفنون التأليف والنسخ، وصولاً إلى بواكير الطباعة الحديثة.
ويحتوي القسم على 3102 مصنف، بينها 912 من أقدم الكتب والمخطوطات بخمس لغات: العربية والإنجليزية والفرنسية والفارسية والألمانية، والتي تجذب الباحثين والزوّار المهتمين بالاطلاع على الكتب النادرة التي تتنوّع موضوعاتها بين كتب اللغة والنحو والطب والتفاسير وغيرها. ومن بين أقدم المخطوطات النادرة في هذا القسم مجموعة من مخطوطات القرآن الكريم أقدمها نسخة من مخطوط المصحف الشريف المنسوب إلى عثمان بن عفان، رضي الله عنه، تطابق النسخة المحفوظة في متحف «طوب قابي سراي» في تركيا.
ومن بين المخطوطات النفيسة التي تضمها المكتبة نسخة للمخطوطة الشهيرة المعروفة بمقامات الحريري المتوفى سنة 1122 ميلادية، ومخطوطة أخرى بعنوان «شرح قصيدة ابن عبدون» للمؤلف عبدالملك بن عبدالله ابن بدورن من القرن السادس للهجرة.
كما يمكن الاطلاع على مجموعة من المجلات العربية النادرة مثل مجلة مجمع اللغة العربية بدمشق لسنة 1921، ومجلة الرسالة التي أصدرها الأديب أحمد حسن الزيات سنة 1933.
